La organización dispone de varios mecanismos para la Gestión de la Innovación, de manera que ésta pueda concebirse como un proceso y no como un evento accidental. Aunque éste proceso no se da necesariamente de manera lineal, sino más bien interactiva (de conformidad con las teorías modernas de innovación), se puede afirmar que inicia con la Identificación de Fuentes de Información, generalmente provenientes del Direccionamiento Estratégico, el Plan de Negocios y el Sistema de Inteligencia Empresarial, éste último orientado a monitorear las tendencias Tecnológicas, Competitivas y del Entorno.

Seguido de esto se da la Generación de Oportunidades, donde encontramos al programa Armando Ideas para el fomento de la creatividad y el Banco de Proyectos, con el cual se gesta la maduración de las correspondientes ideas de proyecto.

Posteriormente, se tiene la Gestión de Proyectos de I+D+i que se da de acuerdo a los programas de investigación previamente enunciados, así como la correspondiente Protección y Explotación de Resultados, donde se gestiona la propiedad intelectual y la transferencia tecnológica.

Finalmente, se tiene la Divulgación de Ciencia, Tecnología e Innovación que reúne a la Revista Ship Science & Technology, el Congreso Internacional de Diseño e Ingeniería Naval y el Informe Anual de Actividades de Ciencia, Tecnología e Innovación, como principales productos de la Corporación para la apropiación social de la Ciencia, pero que igualmente involucra la presentación de trabajos en revistas y eventos de clase mundial.